연구노트는 연구소가 알아서 쓰는 메모가 아니라 법령이 작성·관리를 요구하는 기록입니다. 국가연구개발혁신법 제35조제2항과 시행령 제65조는 과제에 참여하는 연구자와 연구개발기관에 연구수행 과정과 성과를 기록하라고 정하고, 세부 양식과 보관 방법은 기관이 자체지침으로 정하도록 맡깁니다. 이 글은 정부 연구개발 과제를 수행하는 중소기업 실무자가 "우리 회사 지침이 있는지, 무엇을 정해야 하는지"를 과제를 시작하기 전에 점검하도록 정리했습니다. 앞선 글에서 기업부설연구소 인정 요건 , 연구·인력개발비 세액공제 , 벤처기업 확인 연구개발유형 을 다뤘습니다. 세 글이 연구소·연구비·인증을 다뤘다면, 이 글은 정부 과제를 받은 뒤 쌓아야 할 연구 기록 쪽입니다. 연구노트가 세액공제나 벤처 확인의 요건인지는 이 글에서 판단하지 않습니다. 국가연구개발사업 과제를 수행하는 경우만 다룹니다. 빠르게 확인하기 연구노트의 법적 근거 누가 무엇을 정하나 무엇을 기록해야 하나 보관과 제출, 어디까지 확인됐나 적합·부적합 구분과 자가진단 미비할 때의 위험 자주 묻는 질문 연구노트의 법적 근거 근거는 두 단계입니다. 법 제35조제2항은 과제에 참여하는 연구자와 연구개발기관이 연구분야의 특성에 따라 연구수행 과정과 연구개발성과를 작성 또는 기록하고 관리해야 한다고 정합니다. 구체적인 방법은 대통령령에 맡기고, 시행령 제65조가 이를 받습니다. 시행령 제65조는 과학기술 분야 과제와 그 밖의 분야 과제를 나눕니다. 과학기술 분야에서는 연구자와 기관장이 연구노트를 작성·관리해야 합니다. 그 밖의 분야는 소관 중앙행정기관의 장이 지침으로 정해 제공하거나 과제 협약에서 규정합니다. 어느 쪽인지에 따라 따라야 할 문서가 달라지므로, 협약서에서 연구노트 조항이 있는지부터 확인하세요. 중소기업도 대상입니다. 법 제2조제3호는 연구개발기관에 「상법」 제169조에 따른 회사를 포함합니다. 국가연구개발사업을 수행하는 회사라면 대학·출연연과 같은 의무...
연구·인력개발비 세액공제는 연구소를 인정받았다고 자동으로 적용되지 않습니다. 조세특례제한법 제10조는 공제를 받으려면 신청해야 하고(제3항), 비용 종류별로 구분경리해야 한다고(제4항) 정하고 있습니다. 이 글은 중소기업 실무자가 신고 전에 확인할 공제율, 구분경리, 증빙 서류, 국세청 사전심사를 법령 조문 기준으로 정리합니다.
연구소 인정 요건 자체는 2026 기업부설연구소 인정 요건 글에서 다뤘습니다. 이 글은 인정을 받은 뒤, 그 연구소에서 쓴 비용을 세액공제로 연결하는 단계에 집중합니다.
공제율: 세 가지 유형과 선택 방식
제10조제1항은 연구·인력개발비를 세 유형으로 나눕니다. 기업이 가장 많이 쓰는 것은 세 번째, 일반연구·인력개발비입니다. 아래 비율은 2026년 10월 8일 확인한 현행 조문 기준입니다.
| 유형 | 중소기업 | 그 밖의 기업 |
|---|---|---|
| 신성장·원천기술 연구개발비 | 30% (+ 수입금액 대비 비율분, 한도 10%) | 20% (+ 같은 방식 비율분). 중소기업에서 처음 벗어난 경우 3년 이내 25% |
| 국가전략기술 연구개발비 | 40% (+ 수입금액 대비 비율분, 한도 10%) | 30% (+ 같은 방식 비율분). 중소기업에서 처음 벗어난 경우 3년 이내 35% |
| 일반 연구·인력개발비, 발생액 방식 | 25% | 중견기업 8%. 중소기업에서 처음 벗어난 경우 3년 이내 20%, 이후 2년 이내 15%. 그 밖의 기업은 수입금액 대비 일반연구·인력개발비 비율의 2분의 1(한도 2%) |
| 일반 연구·인력개발비, 증가분 방식 | 직전 과세연도 초과분의 50% | 중견기업 40%, 나머지 25% |
세 가지를 기억하면 충분합니다. 첫째, 일반 연구·인력개발비는 해당 연도 발생액에 곱하는 방식과 직전 연도보다 늘어난 금액에 곱하는 방식 중 하나를 고릅니다. 둘째, 신성장·원천기술과 국가전략기술 연구개발비는 2029년 12월 31일까지 발생한 비용에만 적용됩니다(국가전략기술 중 반도체 분야는 2031년 12월 31일까지). 셋째, 표의 수치는 공제율이지 환급액이 아닙니다. 실제 공제액은 비용 중 인정되는 금액에 곱한 뒤 납부할 세액 범위에서 따져야 합니다.
수입금액 대비 비율분은 조문이 정한 계산식에 따라 기업별로 달라지므로 위 표에서 일률적인 숫자로 쓰지 않았습니다. 신성장·국가전략기술 유형을 검토한다면 세무 전문가와 계산해 보시기 바랍니다.
일반 유형, 어느 방식이 유리한가
중소기업은 발생액의 25%와 증가분의 50% 중 고를 수 있습니다. 연구비가 전년보다 크게 늘어난 해에는 증가분 방식이 더 클 수 있고, 매년 비슷한 규모를 쓰는 기업은 발생액 방식이 단순합니다. 증가분 방식은 직전 과세연도 발생액과 평균 발생액을 계산해야 하므로(제2항) 과거 연도의 명세서를 보관하고 있어야 합니다. 어느 쪽이 큰지는 두 값을 직접 계산해 비교하는 수밖에 없습니다.
적합·부적합 구분과 자가진단
준비가 된 기업은 연구소나 전담부서를 인정받은 뒤 연구전담요원의 인건비와 연구용 재료비를 별도 계정으로 집계하고 있는 곳입니다. 준비가 덜 된 기업은 연구 인력이 영업·생산 업무를 겸하거나, 연구비가 일반 경비 계정에 섞여 있거나, 정부 과제 지원금으로 지출한 비용과 자체 비용이 구분되지 않는 곳입니다.
- 연구소 또는 전담부서의 인정이 유효하고, 인정 요건이 깨진 시점이 없는가
- 연구개발에 쓴 비용을 일반 경비와 별도 계정으로 집계하고 있는가
- 정부 출연금·보조금으로 지출한 연구비와 자체 부담 연구비가 나뉘어 있는가
- 연구과제마다 연구개발계획서, 보고서, 연구노트가 있는가
- 일반 유형에서 발생액 방식과 증가분 방식을 둘 다 계산해 봤는가
- 신고 전에 국세청 사전심사를 받을지 정했는가
세 번째 질문에서 막히는 기업이 많습니다. 과제비로 받은 돈으로 낸 인건비까지 자체 연구비에 넣으면 공제 대상이 아닌 금액이 포함됩니다.
구분경리와 제외 비용
구분경리는 말 그대로 비용을 종류별로 따로 기록하는 일입니다. 제4항과 시행령 제9조제12항에 따라 신성장·원천기술연구개발비, 국가전략기술연구개발비, 일반연구·인력개발비는 각각 별개 회계로 나누어야 하고, 둘 이상에 공통으로 쓰인 비용은 기준에 따라 안분합니다. 일반 유형만 신청하더라도 연구 과제별로 비용을 모아 두면 증빙이 훨씬 쉬워집니다.
| 대상 비용 | 연구개발·인력개발을 위한 비용으로서 시행령 별표 6에 열거된 비용. 인건비, 재료비 등 항목별 범위는 별표 6 본문을 기준으로 봅니다. |
|---|---|
| 제외 | 연구개발출연금 등을 받아 연구개발비로 지출한 금액, 국가·지방자치단체·공공기관·지방공기업에서 출연금 등을 받아 지출한 금액 |
| 서비스 개발 | 과학기술과 결합되지 않은 새로운 서비스 개발 비용은 자체 연구개발에 한해 인정(법 제10조제5항) |
증빙 서류와 신고 서류
시행령 제9조는 두 단계 서류를 요구합니다. 연구를 하는 동안 만들어 두는 서류와, 세금 신고 때 내는 서류입니다.
| 상시 작성·보관 | 연구개발계획서, 연구개발보고서, 연구노트 등을 작성하고 보관해야 합니다(시행령 제9조제13항). |
|---|---|
| 신고 때 제출 | 과세표준 신고와 함께 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서, 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출(시행령 제9조제14항) |
연구노트는 나중에 만들 수 없는 서류입니다. 연구를 수행한 날짜와 내용이 남아 있어야 하므로, 신고 시기에 임박해서 한꺼번에 쓰면 설득력이 떨어집니다. 매월 말 인건비 집계와 연구 일정을 함께 점검하는 방식이 현실적입니다.
세액공제용으로 보관하는 연구노트와 별개로, 정부 연구개발 과제를 수행 중이라면 국가연구개발혁신법이 연구자와 기관에 연구 기록의 작성·관리를 따로 요구합니다. 우리 회사 지침에 무엇을 넣어야 하는지는 정부 R&D 연구노트 작성·관리에서 정리했습니다.
사전심사 활용
시행령 제9조제17항은 신고 전에 비용이 연구·인력개발비에 해당하는지 국세청장에게 미리 심사해 달라고 요청할 수 있다고 정합니다. 금액이 크거나 해석이 애매한 비용이 있다면 신고 전에 확인받을 가치가 있습니다.
- 사전심사 신청은 과세표준 신고 전까지 가능합니다. 일반적으로 12월 말 결산법인이 2026년 귀속분을 신고하는 기한은 2027년 3월 31일이므로 그 전에 신청해야 합니다. 법인 유형에 따라 신고 기한이 다를 수 있으니 본인의 기한을 먼저 확인하세요.
- 사전심사 결과가 있어도 서류가 부족한 상태로 신고하면 소용이 없으므로, 증빙 정리를 먼저 끝낸 뒤 신청하는 순서가 맞습니다.
공제가 배제되는 경우
제6항은 자체 연구개발비가 대통령령이 정하는 사유로 연구개발비에 해당하지 않게 되면, 대통령령이 정하는 날 이후 발생한 비용에는 세액공제를 적용하지 않는다고 규정합니다. 어떤 사유와 날짜가 적용되는지는 대통령령에서 정하므로, 연구소 인정 요건이 깨지는 상황(예: 연구전담요원이 퇴사해 최소 인원을 채우지 못한 경우)이 생기면 세액공제에도 영향이 없는지 함께 확인해야 합니다.
제6항과는 별개로, 아래 경우에는 신고 후 공제가 부인될 위험이 있어 신고 전에 점검하는 편이 안전합니다.
- 구분경리 없이 일반 비용에 섞어 신청한 경우
- 정부 출연금으로 지출한 비용을 자체 연구비에 포함한 경우
- 연구노트 등 증빙을 갖추지 못한 경우
연구소 변경신고 기한과 인정취소 사유는 기업부설연구소 인정 요건 글에서 법령 기준으로 정리했습니다. 인사 변동이 생긴 달에는 변경신고와 세액공제 영향을 같이 점검해 보세요.
자주 묻는 질문
Q. 기업부설연구소가 없어도 연구·인력개발비 세액공제를 받을 수 있나요?
이 글에서 다룬 자체 연구개발비 기준으로는 연구소나 연구개발전담부서의 인정이 전제입니다. 제6항은 자체 연구개발비가 대통령령으로 정하는 사유로 연구개발비에 해당하지 않게 되면 일정한 날 이후 비용에는 공제를 적용하지 않는다고 정합니다. 위탁·공동연구개발비는 별도 규정이 있으니 시행령 원문을 따로 확인하세요.
Q. 일반 유형은 발생액 방식과 증가분 방식 중 어느 것이 나은가요?
중소기업은 발생액의 25%와 직전 과세연도 초과분의 50% 중 선택할 수 있습니다. 연구비가 전년보다 크게 늘었다면 증가분 방식이 클 수 있어, 두 값을 모두 계산해 비교해야 합니다.
Q. 정부 과제비로 쓴 연구비도 공제되나요?
아닙니다. 시행령 제9조제1항은 연구개발출연금 등을 받아 지출한 금액과 국가·지방자치단체·공공기관 등에서 출연금을 받아 지출한 금액을 공제 대상에서 제외합니다.
Q. 사전심사는 언제까지 신청해야 하나요?
과세표준 신고 전까지 신청할 수 있습니다. 일반적으로 12월 말 결산법인이 2026년 귀속분을 신고하는 기한은 2027년 3월 31일이므로 그 전에 신청해야 합니다. 법인 유형에 따라 기한이 다를 수 있어 본인의 신고 기한을 먼저 확인하세요.
다음 단계로 R&D 대체인력 지원사업처럼 연구 인력 비용을 함께 줄일 수 있는 제도도 살펴보고, 신고 전에는 위 자가진단 6개 항목부터 점검해 보세요. 신청 순서를 잡을 때는 정부지원사업 신청 전 실무 판단 기준도 참고가 됩니다.
공식 출처
작성일 2026-10-08 · 최종 검토일 2026-10-08 · 작성·검수: 플루비아 정책인포클라우드 편집팀. 법령 조문 기준으로 정리했으며, 실제 공제액과 신고 방법은 기업별 사정에 따라 다르므로 신고 전 세무 전문가 또는 국세청 확인이 필요합니다.
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